實務上，工程承攬雙方常因完工與否、工程瑕疵與驗收程序產生爭議。然依民法規定及相關實務見解，「工作是否完成」與「工作有無瑕疵」並非同一概念。縱使工程存在瑕疵，若承攬人已完成工作內容，定作人仍應依約支付報酬，而非得以瑕疵為由拒絕付款。

民法相關條文：

1. 第490條第1項：稱承攬者，謂當事人約定，一方為他方完成一定之工作，他方俟工作完成，給付報酬之契約。
2. 第493條

         1項：工作有瑕疵者，定作人得定相當期限，請求承攬人修補之。

         2項：承攬人不於前項期限內修補者，定作人得自行修補，並得向承攬人請求償還修補必要之費用。

         3項：如修補所需費用過鉅者，承攬人得拒絕修補，前項規定，不適用之。

3. 第494條：承攬人不於前條第一項所定期限內修補瑕疵，或依前條第三項之規定拒絕修補或其瑕疵不能修補者，定作人得解除契約或請求減少報酬。但瑕疵非重要，或所承攬之工作為建築物或其他土地上之工作物者，定作人不得解除契約。

工程之是否完工，與工程之瑕疵及工程之驗收各有不同之概念，工作之完成與工作有無瑕疵，係屬二事，此觀民法第490條及第494條規定自明。是在承攬關係仍存續時，定作人於承攬人完成工作時，雖其工作有瑕疵，仍應給付報酬，僅定作人得定相當期限請求承攬人修補，如承攬人不於所定期限內修補瑕疵，或拒絕修補，或其瑕疵不能修補者，定作人得依民法第493條、第494條等規定請求償還修補費用、減少報酬而已，最高法院73年度台上字第2814號、81年度台上字第2736號、85年度台上字第2280號判決意旨參照。

而針對瑕疵修補，部分法院實務將之區分為三個階段：第一階段為施工中發現瑕疵，須由承攬人依定作人指示修補；第二階段為完工後驗收時所發現的瑕疵，須在修補後，方可完成驗收程序；第三階段則為保固或瑕疵擔保期間所發現的瑕疵。第二與第三階段的分界在於是否完成驗收，倘定作人已占用並使用工作物，即應視為該部分工程已完成驗收，承攬人有權依約請求對待給付。否則，若允許定作人一方面享有使用利益，一方面又主張未驗收而拒絕付款，將有失公平。（臺灣高等法院107年度上字第181號判決意旨參照）

綜上所述，定作人於承攬人已完成工作之情形下，即便工程尚存瑕疵，原則上仍應依約定支付報酬，並不得片面以瑕疵為由拒絕付款；對於瑕疵之處理，應依法律所定途徑主張請求修補、償還修補費用、減少報酬，以維持契約雙方間之衡平與誠信。